近年来，陕西省自实行县级公立医院改革以来，虽然获得了相应的发展，但担子沉重起来，问题也日益暴露出来。
首先，医院须承担临聘人员的工资。拿咸阳市泾阳县医院来说，目前，共有800多名医护人员，但临聘人员则占到一半以上，医院的编制已经10年没有动过了，很多好的医生护士留不住。据泾阳县医院宣传科科长介绍：“每个月医院给临聘人员所发工资为每人大约一千八九百元，虽然国家给医院补充一部分，但这是远远不够的。”
简单计算一下，每位临聘人员每月工资按1800元计算，400多人一个月则要支付72万余元。西安市高陵县医院院长张旭也表示：“我们医院在编人员317人，临聘人员也有100多人，目前，大部分科室的护士都是临聘人员。如果编制问题不能解决，这对医院的压力是非常大的。”同样，咸阳市三原县医院副院长郝伟坦言：“目前，医院临聘人员有300多人，每人每月聘金只有1350元，我们也想付给他们多一点工资，但医院的负担也很重，多了便承担不起了。”
另外，在采访过程中，还有一种现象值得思考。“该走的人走不了，不该走的人却走了”，三原县医院副院长郝伟如是说。为什么会出现这样的情况？郝伟告诉记者，某些“关系户”在医院占用职位，但并不发挥作用，而另外一些实力强的医护人员却不能得到相应的待遇，从而使得不能发挥“余热”的医护人员对医院造成运行压力，但优秀人才却陆续流失。
再次，大型设备购置资金不足。按照陕西省县级医院公立医院改革政策的要求，执行药品“三统一管理”，县级公立医院一般检查费用降15%，大型设备检查降20%，进一步降低了患者费用，虽然也落实了合疗医保政策，通过调整药比、减少流转、加大床位周转等，控制了人均费用，保障了患者的权益。但对于医院来说，破除“以药补医”机制后，偿还药品历史欠债问题以及补助医院因取消药品加成所减少的收入，财政投入补偿压力巨大，而要提高医疗水平，购置大型设备是不可或缺的，但这却是一笔很大的开支，一些市县的配套资金不足额，甚至出现零配套，影响了项目实施效果，不少县区也力不从心。
郝伟告诉记者，医改之前，医院主要靠县上财政支持，2011年县医院获得政府1000万元的支持，后购买CT设备花费了500万元。如果经济条件差一点的县在没有政府资金补充时则很难购买到设备。即便是在医改之后的现在，每个县级医院的条件和水平也与本级政府财政的好坏直接挂钩，财政好点的县，补贴的多，县医院的运转就能好很多，相反一些条件差的县经常存在资金补贴不到位的情况，这样，县医院就不得不在背负各种包袱的情况下艰难运行。
